Hidrojen bağları, bir moleküldeki hidrojen atomu ile başka bir moleküldeki (ya da aynı molekülün farklı bölümündeki) oksijen atomu arasında bulunan zayıf bağları belirten kimya terimi. Hidrojen bağları yalnızca belirli koşullarda oluşurlar: Hem molekül içinde hidrojenin bağlı olduğu atomun, hem de ikinci moleküldeki atomun elektronegatifliğinin yüksek olması gerekir (flüor, oksijen ya da azot). Bu koşullar sonucu ortaya çıkan çekim, moleküller arası kuvvetlerin en güçlüsü olan hidrojen bağıdır. Hidrojen bağları, erime noktasının ve kaynama noktasının yüksek olmasına yol açarlar. Nitekim, hidrojen bağı bulunan etil alkol (C.H-.OH), 78°C'ta kaynarken, ona denk olan alkan, yani etan (CjHn), hidrojen bağı taşımadığından -89°C'ta kaynar.
Bir bileşik, hidrojen bağı oluşturabileceği bir çözelti içinde çözünür. Etil alkol suyla kolayca hidrojen bağı yapabildiğinden, suda çözünür. Buna karşılık etan, hidrojen bağı yapmadığından, suda çözünmez. Birçok biyolojik molekülün karmaşık yapısı hidrojen bağlarından kaynaklanır. Sözgelimi, birçok proteinin sarmal yapısı, bu sarmalın farklı bölümlerindeki hidrojen bağlarının sonucudur.